|
|
|||||||||||||||||
Opinto-opas 2012-2013
Laskennallinen systeemibiologia, 30 op |
Opintokokonaisuuden tyyppi
Syventävät opinnot
Yhteyshenkilö
Juha Kesseli, Olli Yli-Harja
Osaamistavoitteet
| - | Opintokokonaisuuden tavoitteena on tarjota opiskelijalle biologisen datan, signaalien ja kuvien analyysin sekä mallinnuksen teoreettiset perustiedot ja käytännön taidot yksinkertaisten systeemibiologisten ongelmien ratkaisemiseen. |
| - | Opintokokonaisuuden suoritettuaan opiskelija osaa: |
| - | - Kehittää laskennallisen systeemibiologian menetelmiä |
| - | - Raportoida laskennallisen systeemibiologian eri alueiden uusimmista tutkimuksista |
| - | - Vertailla ja valita sopiva menetelmä tiettyyn laskennallisen systeemibiologian ongelmaan |
| - | - Tulkita ja kirjoittaa alan tieteellistä tekstiä. |
Esitietovaatimukset
| Opintokokonaisuus | Opintopisteet | P/S |
| 25 op | Suositeltava | |
| 25 op | Suositeltava | |
| 25 op | Suositeltava | |
| 25 op | Suositeltava |
Esitietoina tulee olla myös suoritettuna kurssit SGN-1201 Signaalinkäsittelyn menetelmät ja SGN-2500 Johdatus hahmontunnistukseen ( Pakollinen )
Sisältö
Pakolliset opintojaksot
Signaalinkäsittelyn diplomityöseminaari TST-1300 sekä seminaariesitys TST-1400 ovat pakolliset niille, jotka tekevät diplomityönsä tähän syventävään opintokokonaisuuteen.
| Opintojakso | Opintopisteet | Vaihtoehtoisuus | Vuosikurssi |
| SGN-1706 Signal Processing Project | 5-8 op | V | |
| SGN-6058 Introduction to Biology of the Cell | 3 op | 1 | IV |
| SGN-6106 Computational Systems Biology | 5 op | IV | |
| TST-1300 Diplomityöseminaari | 1 op | V | |
| TST-1400 Diplomityöseminaariesitys | 0 op | V | |
| YHTTAY-1010 Solun biologia | 7 op | 1 | IV |
| Yhteensä | 21 op |
1. Kursseista YHTTAY-1010 tai SGN-6058 on suoritettava vähintään toinen, ellei niistä jompi kumpi sisälly jo perus- tai aineopintoihin. Kurssi SGN-6106 on pakollinen, ellei se sisälly jo perus- tai aineopintoihin.
Vaihtoehtoiset opintojaksot
Mikäli opiskelija on suorittanut osan vaihtoehtoisista kursseista jo laskennallisen systeemibiologian aineopintokokonaisuuteen, täytyy hänen suorittaa muita vaihtoehtoisia opintojaksoja 10 opintopisteen edestä.
Valittava vähintään 10 opintopisteen edestä opintojaksoja
| Opintojakso | Opintopisteet | Vuosikurssi |
| SGN-2556 Pattern Recognition | 5 op | IV |
| SGN-6076 Introduction to Neuroinformatics | 5 op | V |
| SGN-6126 Cell culturing, microscopy and cell image analysis | 3 op | IV |
| SGN-6166 Introduction to R programming | 3 op | IV |
| SGN-6176 Microarray Data Analysis | 5 op | IV |
| SGN-6186 Mathematical Modeling of Cellular Systems | 5 op | IV |
| SGN-6236 Modeling Techniques for Stochastic Gene Regulatory Networks | 3 op | V |
| SGN-6266 Techniques in Molecular Biology and Applications to Gene Expression | 3 op | V |
| SGN-6457 Computational Models in Complex Systems | 5 op | IV |
Täydentävät opintojaksot
Kaikkia vaihtoehtoisia opintojaksoja voi myös käyttää täydentämään opintokokonaisuuden kokonaislaajuuteen. Listassa olevien kurssien lisäksi Tampereen yliopiston tarjoamia kursseja BIKE2080 Bioinformatiikka, BIOI2080 Introduction to bioinformatics, BIOI4240 structural bioinformatics, BIOI4210 bioinformatics in functional genomics ja BIOI4230 Phylogenetics voidaan käyttää täydentävinä opintojaksoina. Muiden kuin biotekniikan koulutusohjelman opiskelijoiden on anottava Tampereen yliopiston tarjoamiin kursseihin JOO-opinto-oikeus.
Listasta täydennetään opintokokonaisuuden laajuuteen (30)
| Opintojakso | Opintopisteet | Vuosikurssi |
| BIO-1201 Biokemia I | 4 op | |
| BIO-1250 Mikrobiologia I | 3 op | IV |
| BIO-2100 Mikrobiologian laboratorioharjoitukset | 3 op | IV |
| BIO-2602 Geeniteknologian menetelmät ja molekulaarinen bioteknologia | 5 op | V |
| MAT-21161 Algoritmimatematiikka | 4 op | IV |
| MAT-41281 Tilastolliset monimuuttujamenetelmät | 6 op | IV |
| MAT-45050 Matemaattisen mallinnuksen peruskurssi | 5 op | IV |
| MAT-55900 Datan analyysimenetelmät mallinnuksessa | 4 op | IV |
| MAT-56000 Tilastolliset mallit | 4 op | IV |
| MAT-56100 Satunnaisuus mallintamisessa | 4 op | IV |
| OHJ-1150 Ohjelmointi II | 5 op | IV |
| OHJ-3301 Johdatus tietokantoihin | 4 op | IV |
| OHJ-3321 Tietokantojen suunnittelu | 6 op | IV |
| SGN-1850 Signaalinkäsittelyn erityiskysymyksiä | 1-5 op | V |
| SGN-2607 Statistical Signal Processing | 6 op | V |
| SGN-3057 Digital Image Processing II | 6 op | IV |
| TKT-9617 Scientific Publishing | 6 op | V |
Lisätiedot
Laskennallinen systeemibiologia vaatii useiden eri alojen ammattilaisten saumatonta yhteistyötä. Laskennallisen systeemibiologian ydinalueita ovat molekyyli- ja solubiologia, biokemia, lääketiede, matematiikka, tilastotiede, signaalin- ja kuvankäsittely ja tietotekniikka. Näiden osa-alueiden osaamista vaaditaan kun pyritään matemaattisesti monimutkaisia biologisia ilmiöitä järjestelmätasolla. Matemaattisten mallien ja algoritmien kehittämisen tärkeys on korostunut biologisen mittausdatan määrän kasvaessa. Laskennallinen systeemibiologia pyrkii tarjoamaan työkalut tähän haastavaan ympäristöön. Laskennallisen systeemibiologian syventävät opinnot antavat teoreettisen pohjan ja käytännön taidot tarvittavien työkalujen suunnitteluun ja toteuttamiseen sekä systeemibiologisten ongelmien ratkaisemiseen. Opintokonaisuus antaa opiskelijalle valmiudet poikkitieteelliseen kanssakäymiseen systeemibiologian alalla.