Opinto-opas 2008-2009 |
|||||
| Perus | Pori | KV | Jatko | Avoin | |
|
|
|
|||||||||||||||||
Laskennallinen systeemibiologia (Ti) |
Syventävät opinnot
Olli Yli-Harja, Reija Autio
- Opintokokonaisuuden tavoitteena on tarjota opiskelijalle biologisen datan, signaalien ja kuvien analyysin sekä mallinnuksen teoreettiset perustiedot ja käytännön taidot yksinkertaisten systeemibiologisten ongelmien ratkaisemiseen.
| Tutkinto |
| Signaalinkäsittelyn ja tietoliikennetekniikan koulutusohjelma - Diplomi-insinöörin tutkinto |
| Tietotekniikan koulutusohjelma - Diplomi-insinöörin tutkinto |
| Opintokokonaisuus | Opintopisteet | P/S | Lisätieto |
| Lääketieteellinen tekniikka | 25 op | Pakollinen | Aineopintokokonaisuudet ovat vaihtoehtoisia keskenään. |
Pakollisia esitietoja ovat SGN-1200 Signaalinkäsittelyn menetelmät, SGN-2500 Johdatus hahmontunnistukseen ja SGN-3010 Digitaalinen kuvankäsittely I. ( Pakollinen )
Signaalinkäsittelyn diplomityöseminaari SGN-1980 sekä seminaariesitys SGN-1990 ovat pakolliset niille, jotka tekevät diplomityönsä tähän syventävään opintokokonaisuuteen.
| Opintojakso | Opintopisteet | Vaihtoehtoisuus |
| MAT-41281 Tilastolliset monimuuttujamenetelmät | 6 op | |
| SGN-1650 Signaalinkäsittelyn työkurssi | 5 op | |
| SGN-6056 Introduction to Computational Systems Biology | 3 op | 1 |
| SGN-6106 Computational Systems Biology I | 5 op | |
| SGN-6156 Computational Systems Biology II | 5 op | |
| Yhteensä | 24 op |
1. tai solu- ja molekyylibiologian peruskurssin tiedot jostakin muusta yliopistosta.
Listasta täydennetään opintokokonaisuuden laajuuteen (30)
| Opintojakso | Opintopisteet |
| BIO-1200 Biokemia I | 3 op |
| BIO-1250 Mikrobiologia I | 3 op |
| BIO-2100 Mikrobiologian laboratorioharjoitukset | 3 op |
| MAT-45050 Matemaattisen mallinnuksen peruskurssi | 5 op |
| MAT-51261 Stokastiset prosessit | 6 op |
| MAT-51640 Tilastollinen kokeiden suunnittelu | 4 op |
| SGN-1980 Signaalinkäsittelyn diplomityöseminaari | 1 op |
| SGN-2556 Pattern Recognition | 5 op |
| SGN-2606 Statistical Signal Processing | 5 op |
| SGN-3057 Digital Image Processing II | 6 op |
| SGN-6206 Genomic Signal Processing | 5 op |
| SGN-6457 Computational Models in Complex Systems | 5 op |
| Yhteensä | 51 op |
Systeemibiologia vaatii useiden eri alojen ammattilaisten saumatonta yhteistyötä. Systeemibiologian ydinalueita ovat molekyyli- ja solubiologia, biokemia, lääketiede, matematiikka, tilastotiede, signaalin- ja kuvankäsittely ja tietotekniikka. Näiden osa-alueiden osaamista vaaditaan kun pyritään mallintamaan monimutkaisia biologisia ilmiöitä järjestelmätasolla. Matemaattisten mallien tärkeys on korostunut biologisen mittausdatan määrän kasvaessa. Laskennallinen systeemibiologia pyrkii tarjoamaan työkalut tähän haastavaan ympäristöön. Laskennallisen systeemibiologian syventävät opinnot antavat teoreettisen pohjan ja käytännön taidot tarvittavien työkalujen suunnitteluun ja toteuttamiseen sekä systeemibiologisten ongelmien ratkaisemiseen. Opintokonaisuus antaa opiskelijalle valmiudet poikkitieteelliseen kanssakäymiseen systeemibiologian alalla. Opintokokonaisuus on osa Tietotekniikan koulutusohjelmaa, mutta muista koulutusohjelmista tulevat opiskelijat voivat osallistua siihen suorittamalla ensin vaadittavat esitiedot ja hankkimalla kohtalaisen ohjelmointitataidon erityisesti Matlab-ohjelmalla.