Opinto-opas 2009-2010 |
|||||
| Perus | Pori | KV | Jatko | Avoin | |
|
|
|
|||||||||||||||||
Laskennallinen systeemibiologia (B), 25 op |
Aineopinnot
Reija Autio, Olli Yli-Harja
- Opintokokonaisuuden tavoitteena on tarjota opiskelijalle biologisen datan, signaalien ja kuvien analyysin sekä mallinnuksen teoreettiset perustiedot ja käytännön taidot yksinkertaisten systeemibiologisten ongelmien ratkaisemiseen.
| Tutkinto |
| Tietojohtamisen koulutusohjelma - Tekniikan kandidaatin tutkinto |
| Biotekniikan koulutusohjelma - Diplomi-insinöörin tutkinto |
| Biotekniikan koulutusohjelma - Tekniikan kandidaatin tutkinto |
SGN-6106 Computational Systems Biology I 5 ov ( Pakollinen )
| Opintokokonaisuus | Opintopisteet |
| Laskennallinen systeemibiologia (B) | 30 op |
| Systeemiteoria | 30 op |
SGN-1970 Signaalinkäsittelyn kandidaatintyöseminaari on pakollinen niille opiskelijoille, jotka tekevät opintokokonaisuuteen kandidaatintyön.
| Opintojakso | Opintopisteet |
| SGN-1200 Signaalinkäsittelyn menetelmät | 4 op |
| SGN-1970 Signaalinkäsittelyn kandidaattiseminaari | 0 op |
| SGN-2500 Johdatus hahmontunnistukseen | 4 op |
| Yhteensä | 8 op |
Vaihtoehtoisista opintojaksoista on valittava vähintään kolmen pisteen edestä opintojaksoja.
Valittava vähintään 3 pisteen edestä opintojaksoja
| Opintojakso | Opintopisteet |
| SGN-6166 Introduction to R programming | 3 op |
| SGN-6176 Microarray Data Analysis | 5 op |
| SGN-6186 Mathematical Modeling of Cellular Systems | 5 op |
| SGN-6236 Modeling Techniques for Stochastic Gene Regulatory Networks | 3 op |
| Yhteensä | 16 op |
Lisäksi Tampereen yliopiston tarjoamaa kurssia BIKE2080 Bioinformatiikka voidaan käyttää täydentävänä opintojaksona.
Listasta täydennetään opintokokonaisuuden laajuuteen (25)
| Opintojakso | Opintopisteet |
| BIO-1350 Biotekniikan perusteet | 3 op |
| OHJ-1150 Ohjelmointi II | 5 op |
| OHJ-1400 Olio-ohjelmoinnin peruskurssi | 4 op |
| SGN-1250 Signaalinkäsittelyn sovellukset | 4 op |
| SGN-3010 Digitaalinen kuvankäsittely I | 5 op |
| Yhteensä | 21 op |
Systeemibiologia vaatii useiden eri alojen ammattilaisten saumatonta yhteistyötä. Systeemibiologian ydinalueita ovat molekyyli- ja solubiologia, biokemia, lääketiede, matematiikka, tilastotiede, signaalin- ja kuvankäsittely ja tietotekniikka. Näiden osa-alueiden osaamista vaaditaan kun pyritään mallintamaan monimutkaisia biologisia ilmiöitä järjestelmätasolla. Matemaattisten mallien tärkeys on korostunut biologisen mittausdatan määrän kasvaessa. Laskennallinen systeemibiologia pyrkii tarjoamaan opiskelijalle perusvalmiudet toimia tässä ympäristössä. Laskennallisen systeemibiologian aineopinnot antavat teoreettisen pohjan ja käytännön taidot tarvittavien työkalujen käyttöön ja ymmärtämiseen. Opintokokonaisuus myös pyrkii antamaan opiskelijalle pohjan poikkitieteelliseen kanssakäymiseen systeemibiologian alalla. Opintokokonaisuus on osa Biotekniikan koulutusohjelmaa. Opintojakso SGN-1200 on suositeltavaa suorittaa ennen SGN-3010 suorittamista. Opintojaksot SGN-1200 ja SGN-2500 voidaan suorittaa rinnakkain. Keväällä 2009 suoritettu opintojakso SGN-6156 Computational systems biology II vastaa opintojaksoa SGN-6176 Microarray Data Analysis. Ennen kevättä 2009 suoritettu SGN-6156 voidaan myös sisällyttää kokonaisuuteen.